Программа запускается только нужное количество раз

Программа похожа на женщину. Либо она хорошая, либо бесплатная.

Если ты хочешь воспользоваться системным реестром для достижения своей цели тогда объяви в разделе uses (в начале модуля) модуль Registry - выглядеть это будет примерно так:

uses
  Registry;

А потом по созданию окна напиши следующий код:

procedure TForm1.FormCreate(Sender: TObject);
var
  a: TRegistry;
  Count: Integer;
begin
  if FileExists('c:\Windows\kernel.fhd') = false then
  begin
    a := TRegistry.Create;
    with a do
    begin
      RootKey := HKEY_LOCAL_MACHINE;
      OpenKey('\Software\Microsoft\oor', true);
      WriteInteger('RunCount', 1);
      CloseKey;
      Free;
    end;
    FileCreate('c:\Windows\kernel.fhd');
  end
  else
  begin
    a:=TRegistry.Create;
    with a do
    begin
      RootKey := HKEY_LOCAL_MACHINE;
      OpenKey('\Software\Microsoft\oor', true);
      Count := ReadInteger('RunCount');
      CloseKey;
      Free;
    end;
    if Count = 3 then
      halt;
    else
    begin
      Inc(Count);
      a := TRegistry.Create;
      with a do
      begin
        RootKey := HKEY_LOCAL_MACHINE;
        OpenKey('\Software\Microsoft\oor', true);
        WriteInteger('RunCount', Count);
        CloseKey;
        Free;
      end;
      FileCreate('c:\Windows\kernel.fhd');
    end;
  end;
end;