[NotFake]

Перебор окон и закрытие не подходит, потому что можно перейменовать папку и тогда прога не сработает.

Можно сделать что бы прога перемещала папку куда нибудь, затем на место папки копировала себе и перейменовывала (имя папки + '.exe'). когда происходит запуск, происходит запрос пароля и если все верно то прога откроет папку.

В идеальном варианте нада сделать что-то похожее на архиватор. Тоесть папка как бы архивируется(важно что бы получился один файл), информация этого файла кодируется и только тогда этот файл перемещается.

Подобная програма существует и работает по описаному мной методу. Если тебе нада просто скрыть файлы, то заарчивируй папку без зжатия и измени расширение например на (.dll).