[lmikle]

Сразу много вопросов...
По порядку.
1. Синхронизация зависит в первую очередь от того какие БД используются, какая связь, используется ли централизованная БД и т.д.
2. Приход/расход/остаток. Есть 2 способа организации учета. По постатку (т.е. у тебя есть таблица, где и указывается остаток товара) или по документам (любое перемещение/приход/расход производится с помощью приходно-расходного документа, а остаток вычисляется на основе документов динамически).
3. введи еще одно поле - идентификатор филиала - и сделай ключ составным.