[lmikle]

Ну и в чем проблема?
При добавлении в список, сохраняй хэндл окна и потом, при запуске потоков, просто передавай его в поток. Типа:

Код:

var
  i : integer;
  thrd : TMyThread;
begin
  for i := 0 to CheckListBox.Items.Count-1 do
    if CheckListBox.Checked[i] then
      begin
        thrd := TMyThread.Create(True);
        thrd.WndHandle := THandle(CheckListBox.Items.Objects[i]);
        thrd.Resume;
      end;

соответсвенно, при добавлении окон в список пользуем AddObject() и у потока надо иметь соотв аттрибут WndHandle.

PS. точно иерархию свойств в TCheckListBox я не помню, так что проверь там...