[lmikle]

Если сервер поддерживает несколько соединений с одного клиента, то можно при нахождении новой папки помещать ее в очередь на анализ, завести несколько потоков, которые будут просто брать имена папок из очереди и проверять файлы (при нахождении новой папки - ее в очередь). Потоки надо будет только свои делать, которые будут сигнализировать - работают они или нет. Подключение - свое в каждом потоке. И не забыть сделать синхронизацию между потоками.

ЗЫ. Немного сумбурно... но код писать лень.