[Vocabulary]

Куда именно их вставить?

В конце каждого модуля есть слово end. (с точкой в конце).
Перед этим словом и надо вставить эти две строки. Из приведенного фрагмента это более чем понятно:

Код:

initialization              //1
  DecimalSeparator := '.';  //2
end.

Код, который находится в секции initialization выполняется в первую очередь, еще до того как будут созданы формы.
Поэтому замещение разделителя целой и дробной частей числа будет действовать сразу же после запуска программы.

чтоб настройки среды не сбивать

Замещение это действует только в пределах запущенной программы. О возмущении никакой среды и речи быть не может.