[Uniq!]

Какого ж чёрты у вас в коде:

Код:

read(outfile, Xa); 
read(outfile, Yb);

Если вам нужен Xa Xb, а у вас Yb.

Про копирование я вообще не понял.
inFile - это исходный файл. Что вы собрались в него копировать?
outFile - это файл, который у вас должен получиться после преобразования.

Код:

AssignFile(inFile, 'outfile.txt'); // Связываем исходный файл с переменной
Reset(inFile); // Открываем файл для чтения
AssignFile(outfile, 'outfile_reCalc.txt'); // Связываем новый файл с переменной
ReWrite(outfile); // Открывай файл для записи

while not Seekeof(outfile) do
  begin // Пробегаем весь исходный файл
    read(infile, Xa); // Считываем переменные Xa, Yb
    read(infile, Yb);
    writeln(outfile, Xa,' ',Yb); //записываем текущие проверяемые точки в новый файл
    for YbNew:=0 to Ybmax do
      for XaNew:=0 to Xamax do
        begin
          // ... какие-то преобразования
          if // ... если точка принадлежит, то записываем её новые координаты
          writeln(outfile, XaNew,' ',YbNew); // запись новых координат точки в новый файл
        end;
  end;
CloseFile(inFile);
CloseFile(outfile);

На выходе получим:

Код:

Пробник1: Xa1 Yb1
Пробник2: Xa1 Yb2
Пробник3: Xa1 Yb3 
Совпадение: XaNew YbNew
Пробник4: Xa1 Yb4
Пробник5: Xa2 Yb1
и т.д.

Поправил код.