[cotseec]

прибор висит на СОМ1, вы со своей программы открываете порт и шлете туда команду (при этом порт СОМ1 штатная программа открыть не может - он занят), закрываете порт - теперь его НИКТО не открыл (в том числе и штатная программа)
после посылки из терминала штатная программа сама по себе открывает СОМ1?
лучше будет воспользоваться Free Com Port Monitor и посмотреть, что шлет штатная программа и что шлется в вашем случае, сравнить и сделать какие-то выводы, а заодно и протокол можно будет как-то понять