Что-то я не въехал в задачу никак
Кто какие объекты одного хендла создает? Какие части заскринить?
Давайте пойдем по моей методике
И так. Какие входные данные? Как Вы взаимодействуете с другими приложениями? Сколько их? Как пытаетесь сделать скриншот? Что представляют из себя объекты приложения B? А и В это одно приложение?