Еще меньше? Ну можно конечно постараться... Только все равно: заголовок PE вроде около 512 байт, + код, + данные, + импорт, + выравнивание... Меньше 2кб, думаю, не выйдет. А 2 и 4 кб в большинстве файловых систем занимают одинаковое количество места - 1 кластер.
