Я бы сделал так:
Создал бы файл со списком файлом нужной папки, и хешей тех файлов.
(надежно этот файл закодировал - так как мало ли
)
После этого 3 варианта:
- периодически (по таймеру) запускать прогу и сверять хеши.
- периодически вручном режиме запускать прогу.
- отслеживать изменения файлов средствами винды ( как по мне самый ненадежный метод, так можно например подделать дату изменения файла и т.д.)