циклы у тебя вложенные.
Поэтому во внешнем цикле ты должен
каждый раз переустанавливать указатель на первую запись
те
Код:
while not eof(f2) do
begin
reset(f1);
while not eof(f1) do
begin
readln(f1,...);
..........
end;
end;
в твоем примере чтение файла доходит до конца (EOF(f)=true)
и поэтому при повторном прохождении внешнего цикла он уже не читается