Удалить первые строки из обоих файлов.
Не удалять строки, если хотябы один из файлов пуст.
	Код:
	begin
 f:=TStringList.Create();
 p:=TStringList.Create();
 f.LoadFromFile('myFile1.htm');
 p.LoadFromFile('myFile2.htm');
 
if f.Count>0 and p.Count>0 then    Incompatible types
 f.Delete(0);
 p.Delete(0);
 f.SaveToFile('myFile1.htm');
 p.SaveToFile('myFile2.htm');
 f.Free;
 p.Free;
end; 
В чём дело? С одним файлом всё нормально.