Закрывает оба окна в том случае, если ваша 2 форма - главная. Соответственно при ее закрытии закроется вся программа.
Выходов несколько: или сделайте главной другую форму, или, например, просто не закрывайте главную форму, а прячьте ее (не Form2.Close, а Form2.Hide).
|