[Страдалецъ]

Ну и в чем сложность? Обойти массив сравнив каждый из элементов, результат внести в новый массив:

Код:

Const
 ArrSize = 5;
Var 
 A,B: Array[1..ArrSize,1..ArrSize] of Integer;
 C: array[1..ArrSize*ArrSize] of Integer; 
 i,j,k: Integer;
begin
 k := 0;
 for i := 1 to ArrSize
 do for j := 1 to ArrSize
     do if A[i,j] = B[i,j] 
         then begin
                Inc(k); 
                C[k] := A[i,j];
                end;
end.