Ну так и делайте, проверяете при запуске вашей проги наличие ссылки на программу в разделе автозапуска. В случае отсутствия добавляете ссылку и завершаете работу программы, иначе запускаете основное тело проги.
А вот с таймером не понял, что вы хотели сделать.
|