[Esserg]

1) работай не с TMemo, а с TStrigList - сделано.
2) Сделал дополнительный Frame с ProgressBar-ом, И двумя кнопками:
OK - ставится видимой после окончание сравнения.
Abort - исчезает после окончание сравнения.

Код:

procedure TForm1.Button3Click(Sender: TObject);
var
  i, j:Integer;
begin
  Frame11.Visible:=true;
  with ListBox3.Items do begin
    BeginUpdate;
    Clear;
    for i := 0 to ListBox1.Items.Count-1 do begin
      for j := 0 to ListBox2.Items.Count-1 do begin
        if CompareStr(ListBox1.Items[i],ListBox2.Items[j]) = 0 then begin
          Add(ListBox1.Items[i]);
          Application.ProcessMessages;
        end;
        Frame11.ProgressBar1.Position:=Round((100*((i-1)*ListBox2.Items.Count+j))/(ListBox1.Items.Count*ListBox2.Items.Count));
        Frame11.Label2.Caption:=IntToStr(Frame11.ProgressBar1.Position)+'%';
      end;
    end;
    EndUpdate;
  end;   
end;

Красота. И прогрессбар движется и окно можно двигать, нет ощущения что процесс завис.

Но ВОПРОС: как прервать основной поток программы кнопкой Abort?
Т.е. Чтобы все вычисления которые сделаны остались, в ListBox3 стало видно то, что успело сравнится (Я потом оттуда в файл сохраняю).