Можно попробовать сделать так:
1. ехешка создаёт свою копию рядом.
2. запускает копию и выкл.
3. копия меняет в ехе оригинала что надо.
4. запускает оригинал и откл.
5. оригинал удаляет копию.
Непойму зачем это делать
(менять res в работающей ехе)?
Если сохр. параметры то намного проще ini или реестр использовать.