[lmikle]

1. Откомпилировать, а сверху чем-то вроде ASProtect, ExeCriptor и иже им подобным.
2. Никак, кроме написания своей системы.
3. Точно также, как и любом другом приложении. Функции работы с файлами не зависят от того оконное это приложение или нет.