Ищи в инете, там ты найдешь просветление

, вот, ищи последовательно:
1. Как получить соответствующие права на удаление файлов/папок
2. Как отключить защиту системных файлов/папок
3. Как проверить файлы на занятость каким-либо приложением
4. Как сбросить атрибуты файлов
А вообще любой файл можно удалить до полной загрузки оси, можешь пойти этим путем, а защиту сис. файлов отрубить через реестр.