Можно, но это связано с оччень большим мозговым геморроем. Например чтобы запустить файл Б из файла А нужно:
1. Чтобы файл А зарезервировал файлу Б память (функция VirtualAlloc).
2. Заполнить таблицу импорта файла Б. При этом нужно позаботиться, чтобы не было перекрытия из-за одинакового ImageBase.
3. Передать управление на точку входа файлу Б.
Требуется знание структуры РЕ-файла и ассемблера.
Детально
тут