Проблема не только с InnoSetup - ом. Был испробован InstallShield - та же ситуация. Хотя там ярлыки сохдаются практически вручную - сам выбираешь куда их воткнуть и на что они ссылаются
Я конечно в принципе и без них легко обойдусь, не просто непорядок. Ведь если не работешь с БД то все работает замечательно. А алиасы определяются динамически, тут проблем с размещением табличек быть не может