Ну так и делать. 
Распарсить скрипт и выполнять по команде за раз по очереди. 
Там, собственно, единственное место - запуск и ожидание процесса. Если процесс стандартный, то тоже без проблем, просто через CreateProcess надо делать, что бы его хэндл получить, ну и ждать пока этот хэндл существует. 
		
	
		
		
		
		
		
	
		
		
	
	
	 |