Создавай с родителем Desktop.
Вот пример окна нотификации из одного моего проекта (код не полностью, только создание):
Код:
procedure TCustomNotificationForm.CreateParams(var Params: TCreateParams);
begin
inherited CreateParams(Params);
Params.ExStyle := Params.ExStyle Or WS_EX_TOPMOST Or WS_EX_TOOLWINDOW And (Not WS_EX_APPWINDOW);
Params.WndParent := GetDesktopWindow;
end;