Вероятно, вывод значения в окно ShowMessage, также, как и в форму, нужно выполнять в процедуре Synchronize.
Код:
procedure TThread1.Execute;
begin
Bitmap1 := TBitmap.Create;
Bitmap1.SetSize(6, 6); // определяем размер изображения
Thread1.Suspended := True; // в TForm1.Button1Click, присвоив False, запускаем поток
Synchronize(procedure begin ShowMessage(ColorToString(Bitmap1.Canvas.Pixels[0, 0])) end); // пиксел = clWhite
end;