Хотелось бы высказаться против модификаций исполняемых файлов.
Кроме того что все средства защиты будут ругаться на такое поведение программы никаких плюсов не вижу (лучше сразу оригинальный троян в прогу зашить и пусть копируют

Что защищаем?
если инсталятор носиш с собой то пусть он хоть в реестр записывает ключ оригинальный для компьютера а программа его сверяет с данными о системе и в другом месте работать не будет.
Смотри только чтобы умный "антивирус" не скопировал твою флешку во время инсталяции.
Если защищаем инсталятор то пусть он хоть самоуничтожится в папке "Инстал" я его другу скопирую из папки "Довлоадз" чистенький и оригинальненький.
В общем лутше комплексно продумать систему защиты от копирования.