[lmikle]

Ну так и сериализуй.
Тут надо знать как узлы в дереве расположены (сколько корневых).
Можно просто в xml сериализовать, тогда меньше мороки с корневыми узлами, но больше потом мороки с чтением всего этого добра обратно.