1. Рабочий стол с иконками - это уже Проводник ( explorer.exe )
Если хочешь загружать свою программу вместо проводника, придёться самому реализовать всё это ( рабочий стол , TaskBar , TrayBar ... )
Как реализовать TrayBar и загружать свою программу вместо проводника написано здесь:
http://www.delphiworld.narod.ru/base/shell_tray.html
2. Второй вариант - просто убрать с рабочего стола иконку "мой компьютер" ( Правой кнопкой по рабочему столу -> Свойства -> Рабочий стол -> Настройка рабочего стола -> Общие -> Значки рабочего стола )
и вместо неё поставить такуюже иконку своей программы, но любая папка на рабочем столе будет всё равно открываться в обычном проводнике.