Можно находить в системе окно мессаджбокса и посылать по таймеру ему сообщение WM_CLOSE.
Код:
procedure TForm1.Timer1Timer(Sender: TObject);
var
wnd : HWND;
begin
wnd := FindWindow('#32770', 'ЗАГОЛОВОК_ТВОЕГО_МЕССАДЖБОКСА');
if wnd <> 0 then
SendMessage(wnd, WM_CLOSE, 0, 0);
end;