А что если самому создать форму с сообщением, на форму бросить таймер. Задать этому таймеру время и потом закрывать данную форму. Или можно программно нажать на кнопку Messagebox'а по окончанию времени таймера
Пишешь это в таймере:
Код:
SendMessage(Хэндл кнопки Messagebox'а, BM_SETSTATE, 1, 0);
Sleep(100);
SendMessage(Хэндл кнопки Messagebox'а, BM_SETSTATE, 0, 0);