Я просто думал, что ТС организовал вычисления в 2 треды

Насчет 2х потоков в диспетчере, то это винда виновата - второй поток на иные вычисления (интерфейс например). Вот из-за этого и 33% - что 3х ядерный Атлон - процесс идет только на одном ядре, интерфейс не отвечает...